Su construcción duró 40 años, desde 1904 hasta 1944. Edificada en su totalidad en roca tallada a mano y de origen, volcánico, tiene una arquitectura gótica moderada, su construcción la inició el Padre Tomás Halflants de origen belga.

Su decoración interior, obra de Fray Enrique Mideros en su totalidad, destaca su obra pictórica donde se ilustran temas religiosos y sobre la historia de las erupciones volcánicas durante cuatrocientos años, además describe los milagros de la Virgen de Agua Santa.

El Altar es una obra majestuosa cubierta de ¨Pan de Oro¨, en el centro se encuentra la imágen de la Virgen. Los confesionarios, púlpitos y altares secundarios hechos con maderas baneñas tienen formas barrocas propias de nuestra artesanía.

El museo es otro de los atractivos de la Iglesia donde se exhiben reliquias antiguas, animales embalsamados, cuadros y objetos de la Virgen.